巩膜炎在进行药物治疗时，常用的药物有氟米龙滴眼液、双氯芬酸钠滴眼液、抗感染药、免疫抑制剂。

1、氟米龙滴眼液：适用于外眼部及前眼部的炎症性病变，角膜上皮剥离或角膜溃疡的患者禁用，采取全身性以及局部使用糖皮质激素药物是治疗巩膜炎的首选方案。

2、双氯芬酸钠滴眼液：可以有效减轻巩膜炎症所引起的疼痛、灼热、发红等不良症状表现。重度心力衰竭，以及严重肝、肾功能衰竭病人不应使用。

3、抗感染药：对于存在有感染迹象的患者，可以联合环孢霉素，霉酚酸酯等类型抗菌素进行抗感染性治疗，并且可以预防炎症性病变发生进一步扩散。

4、免疫抑制剂：在巩膜炎的更具侵略性的情况下，可以选用硫唑嘌呤、环磷酰胺等药物进行全身免疫抑制疗法。