慢性肠炎患者可以在医生指导下使用抗感染药物、益生菌类药物等进行治疗，以达到治疗疾病的目的，有望根治彻底。

1、抗感染药物：慢性肠炎的发生与细菌、病毒、结核分枝杆菌等感染有关，需针对病因进行治疗。细菌感染者可遵医嘱服用头孢克肟片、氧氟沙星片等药物；病毒感染者需配合医生服用利巴韦林片、阿昔洛韦片等药物；结核分枝杆菌感染者可选择利福平胶囊、吡嗪酰胺片等。

2、益生菌类药物：慢性肠炎患者可能存在肠道菌群失衡的情况，容易降低肠道黏膜的屏障功能，可听取医生的建议服用双歧杆菌三联活菌胶囊、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等药物，以平衡肠道菌群。

慢性肠炎患者要想根治疾病，除了要积极配合药物治疗，还应加强饮食管理，饮食上要注意卫生，不可食用路边摊，以免导致病原体侵袭肠道，加重病情。