六君子丸和参苓白术散都属于中成药，两者在药物成分、药物功效、治疗病证、注意事项等方面有所差别，具体如下：

1、药物成分：六君子丸由党参、麸炒白术、茯苓、半夏、陈皮、炙甘草中药材组成。参苓白术散主要是由人参、茯苓、白术、山药、白扁豆、莲子、砂仁、桔梗、甘草、薏苡仁等中药材组合而成；

2、药物功效：六君子丸具有补脾益气、燥湿化痰的功效。参苓白术散具有补脾胃、益肺气的功效；

3、治疗病证：六君子丸适用于用于脾胃虚弱、食欲不振、气虚痰多、腹胀便溏等病证的治疗。参苓白术散适用于治疗脾胃虚弱、食少便溏、气短咳嗽、肢倦乏力的病证；

4、注意事项：六君子丸不适用于急性胃肠炎、主要表现为恶心、呕吐、大便水泻频频，脘腹作痛等症状，也不适用于口干、舌少津、大便干者，忌食生冷油腻不易消化食物。参苓白术散不适合感冒发热的患者服用，忌不易消化的食物。

患者在用药前应前往医院中医科就诊，可在医生指导下使用，不可盲目用药，以免引起不良后果。