龟头流脓的治疗目的是缓解症状，针对原发病进行治疗，主要通过药物、物理、手术等方法进行治疗，还需要格外注意日常养护。

一、药物治疗

1、抗菌药物

多用于治疗出现细菌感染导致的龟头流脓，白色念珠菌引起的感染可选用伊曲康唑或氟康唑；厌氧菌引起的感染可选用甲硝唑；需氧菌引起的感染可选取左氧氟沙星和红霉素；淋球菌引起的感染可选用头孢曲松、大观霉素等。

2、糖皮质激素

多用于非感染性因素导致的龟头流脓，起到消炎抗过敏等作用，如氢化可的松。

3、外用药

龟头流脓伴有糜烂渗出者可选用0.1%雷夫奴尔溶液或1∶8000高锰酸钾溶液湿敷，若有干燥伴有脱屑可外涂皮质类固醇激素软膏。

二、物理治疗

用多功能微波治疗仪治疗可以减轻龟头部感染症状，促进炎症吸收，将圆形微波发射探头对着阴茎龟头，距离约1cm，注意避免照射到睾丸，可用胶布把阴茎往上固定于耻部，并用锡纸覆盖阴囊以屏蔽。

三、手术治疗

一般不采取手术治疗，但若感染较重，包皮不能上翻，引流不畅者，可于包皮背侧做纵形切开，以利引流。或伴有包茎或包皮过长时，待急性炎症控制后需行包皮环切术。病后导致尿道外口狭窄者宜行尿道外口扩张术。