结晶尿可由疾病因素与非疾病因素导致。疾病因素包括泌尿系统疾病、肝脏疾病、高尿酸血症等；非疾病因素包括饮水量过少、食用过多的碱性食物如牛奶、水果等，以及服用某些药物，如磺胺类药物等。

一、疾病因素

1、泌尿系统疾病

当肾盂肾炎、膀胱炎、尿路感染的患者可有磷酸钙结晶或磷酸镁胺结晶，出现脓尿时还可有胆固醇结晶析出；若肾脏存在结石也会在排尿时出现结晶尿。

2、肝脏疾病

通常所有氨基酸均在肝内代谢、转化，合成蛋白质。当严重肝细胞损害时，因氨基酸不被利用，而由血循环排至尿中，使尿氨基酸增多，其中酪氨酸和亮氨酸增多形成结晶。常见于肝硬化、肝炎、肝功能衰竭等肝脏疾病。另外出现黄疸的患者，如阻塞性黄疸及肝细胞性黄疸的患者，血中结合胆红素及尿胆原含量增高，再通过肾小球滤过，使尿液中胆红素及尿胆原浓度增高，引起胆红素结晶。

3、高尿酸血症

在痛风及其他高尿酸血症时，血尿酸急剧升高，从肾小球滤出的尿酸不能完全被肾小管重吸收，引起高尿酸尿，而出现多量尿酸结晶。

4、同型胱氨酸尿症

是一种常染色体显性遗传性疾病，是由于近端肾小管上皮细胞和空肠粘膜对二碱基氨基酸，包括赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸及胱氨酸等的转运障碍所致，且胱氨酸溶解性低，在随着尿排出的过程中可形成结晶。

二、非疾病因素

正常人尿中可出现尿酸结晶，另外饮水量过少、食用过多的碱性食物；服用磺胺类抗生素、喹诺酮类抗生素，造影剂等也可出现结晶尿。