小排畸和普通B超主要的区别在于检查时间不同、检查次数不同、检查的侧重点不同，需要区别诊断。

1、检查时间不同：小排畸通常是需要在孕28-32周进行，而普通B超没有明确的时间规定，按需进行检查。

2、检查次数不同：小排畸需要在孕晚期进行一次常规产前检查，而普通B超需要根据孕妇以及胎儿具体发育情况，适当加减检查次数，没有固定的次数。

3、检查的侧重点不同：小排畸主要是筛查胎儿全身各器官的发育情况，包括颅脑、肾、腹部、胸部等，检查更加全面，可以更好地确认胎儿是否存在畸形的情况。

普通B超检查不够全面，主要是用于检查胎儿大小、体重、羊水等方面，是否正常生长发育，并且排除异位妊娠等。无论是小排畸检查还是普通B超检查，都应注意遵医嘱进行检查，并按照相应的要求做好检查前的准备。