沙眼衣原体感染导致的疾病不同，如沙眼、衣原体性尿道炎/宫颈炎、性病淋巴肉芽肿等，其治疗方法也有所不同，但主要是针对性治疗沙眼衣原体感染及其并发症，包括药物治疗和手术治疗。
1、沙眼：进行全身和眼部的局部药物治疗和并发症治疗，急性期或严重的沙眼应全身应用抗生素治疗。还可行手术矫正倒睫及睑内翻，防止晚期沙眼瘢痕形成，甚至失明。
2、衣原体性尿道炎/宫颈炎：进行药物治疗，首选阿奇霉素顿服，也可选择喹诺酮类、其他大环内酯类或四环素类抗生素口服，妊娠或儿童患者选择红霉素或阿奇霉素。
3、性病淋巴肉芽肿：进行系统药物治疗，可用多西环素或米诺环素，根据病情适当延长治疗时间。
感染期间应注意营养补充，多吃新鲜的蔬菜、水果，加强机体抵抗力。
