中性粒细胞碱性磷酸酶偏低主要见于慢性髓系白血病，另外可见于阵发性睡眠性血红蛋白尿症、继发性红细胞增多症等。
1.慢性髓系白血病：也称慢性粒细胞白血病，是一种起源于多能干细胞的髓系增生性肿瘤，患者体内存在致病的融合蛋白，会显著增强酪氨酸激酶活性，影响细胞的增生和分化，在检测中NAP呈现活性显著降低，病情缓解后恢复正常。
2.阵发性睡眠性血红蛋白尿症：该病是一种获得性溶血性疾病，起源于造血干细胞基因突变引起血细胞表面的膜蛋白缺失，致使细胞性能发生改变，对血中的补体敏感，引发血管内溶血、全血细胞减少和血栓形成等，检测可见NAP活性降低。
3.其他疾病：其他还可能出现NAP活性降低的疾病主要有继发性红细胞增多症、脾功能亢进、病毒感染等。
