氨苄西林和阿莫西林都是氨基青霉素，二者在药物结构、抗菌谱、药效持续时间、耐药性存在一定的区别。

1、药物结构：阿莫西林较氨苄西林多了一个羟基，其结构更加稳定，不容易被碱性环境破坏。

2、抗菌谱：由于结构差异，氨苄西林和阿莫西林对细菌的覆盖范围略有不同。氨苄西林通常用于治疗溶血性链球菌、肺炎链球菌、肠球菌和不产青霉素酶葡萄球菌草绿色链球菌、白喉棒状杆菌、炭疽芽胞杆菌、放线菌属等。而阿莫西林抗菌谱更加广泛，除氨苄西林敏感菌外，还对脆弱拟杆菌、肺炎杆菌及沙门氏菌具有杀灭作用。

3、药效持续时间：阿莫西林的半衰期比氨苄西林长，阿莫西林半衰期为8-10小时，因此阿莫西林一天仅需服药2-3次，可以保持有效药物浓度。而氨苄西林半衰期为1.5小时，用药频率高于阿莫西林。

4、耐药性：由于长期使用抗生素和细菌的耐药性发展，某些细菌已经对氨苄西林产生了耐药性。而阿莫西林在耐药性较弱，仅部分志贺菌属耐药。

无论需要使用氨苄西林还是阿莫西林，都应在医生的指导下合理使用，并按医嘱剂量和使用时间进行用药。