医学心理学方法学的主要特点主要包括基础理论的多样性、心理因素的主观性和研究对象的多学科属性等。

1、基础理论的多样性：医学心理学有关的理论很多，理论的多样性反映了对心理实质认识的不一致，同时也使研究和工作方法不统一。

2、心理因素的主观性：与某些自然现象不同，多心理现象的定量难度更大，常带有主观成分这就需要在实际工作过程中更要注意方法学问题。

3、研究对象的多学科属性：在医学心理学工作中常同时涉及社会、心理、生物等多学科的有关因素和变量。为了保证结果的科学性，需要我们同时掌握这些学科的一些基本研究方法和手段。

以上特点导致医学心理学研究方法学具有自身的特殊性，可出现宏观和微观并重，实证与思辨同行，形态与功能结合，单因素与多因素分析并存的特殊现象。