淋巴结是结构最完备的外周免疫器官，广泛分布于全身非黏膜部位的淋巴通道汇集处。淋巴结实质分为皮质区和髓质区两个部分。

1、皮质：皮质分为浅皮质区和深皮质区。靠近被膜下为浅皮质区，是B细胞定居的场所，称为非胸腺依赖区。在该区内，大量B细胞聚集成初级淋巴滤泡或称淋巴小结。初级淋巴滤泡主要含未受抗原刺激的初始B细胞，无生发中心受抗原刺激后，淋巴滤泡内出现生发中心，称为次级淋巴滤泡，内含大量增殖分化的B淋巴母细胞，后者可向内转移至淋巴结中心部髓质的髓索，分化为浆细胞并产生抗体。B细胞缺陷时，皮质缺乏初级淋巴滤泡和生发中心。浅皮质区与髓质之间的深皮质区又称副皮质区)，是T细胞定居的场所，称为胸腺依赖区。副皮质区含有自组织迁移而来的DC，高表达MHCⅡ类分子，是专职的抗原提呈细胞。副皮质区有由内皮细胞组成的呈非连续状的毛细血管后微静脉，也称高内皮微静脉，是沟通血液循环和淋巴循环的重要通道，血液中的淋巴细胞由此部位可进入淋巴结实质。

2、髓质：髓质由髓索和髓组成。髓索由致密聚集的淋巴细胞组成，主要为B细胞和浆细胞，也含部分T细胞及M中。髓窦内富含M中，有较强的捕捉、清除病原体的作用。