绒毛穿刺和羊水穿刺的区别主要是孕周不同、样本不同、检查风险不同，女性需要在产科医生的指导下进行检查。

1、孕周不同：虽然两者都是检查胎儿染色体的数目和结构，但绒毛穿刺是在12周左右取胎盘绒毛，然后做染色体核心分析，而羊水穿刺一般是在20周左右去做。

若绒毛穿刺的结果正常，胎儿正常的可能性大。若绒毛穿刺其结果表现为异常，此时并不能确定是否是胎儿出现问题，这种情况也有可能是胎盘出现问题而导致的，因此需要进一步的分析和检查。

孕中期的羊水也是查胎儿染色体的数目和结构，主要是查胎儿的脱落细胞，相对更准确。

2、样本不同：绒毛穿刺取的是胎盘绒毛，属于胎盘组织，而羊水穿刺取的是羊水组织，属于胎儿的脱落细胞。羊水更接近胎儿，即羊水细胞更能代表胎儿细胞。

3、检查风险不同：由于绒毛穿刺常在孕早期进行，胚胎发育尚未稳定，如果检查刺激到胚胎组织，可能引起出血、流产等情况。羊水穿刺在孕中期，此时胎儿已经基本比较稳定，流产风险较低，但也可能存在感染、羊水栓塞等问题。