怀孕6周了内裤上有褐色分泌物，可能与先兆流产、异位妊娠、宫颈炎等原因有关，建议孕妇积极就医治疗。

1、先兆流产：怀孕6周属于早孕阶段，胚胎不是特别稳定，如果此时孕妇过度劳累、精神紧张，或者有外力碰撞腹部，容易对子宫造成刺激，均可能导致先兆流产，阴道内会有少量出血，引起分泌物颜色变化，并伴有下腹疼痛不适。需要在医师的指导下，服用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物治疗，同时需要绝对卧床休息；

2、异位妊娠：如果受精卵没有在子宫体腔内着床，而是在输卵管部位着床发育，而随着胚胎的逐渐增大，容易导致输卵管出现破裂，从而引起褐色的分泌物，甚至还会引起腹部疼痛，可遵医嘱通过输卵管切除术、输卵管伞部压出术等方式终止妊娠；

3、宫颈炎：孕早期由于激素水平变化，阴道酸碱环境会发生一定的变化，如果孕妇不注意私处卫生，容易对宫颈口造成刺激，引起宫颈部位的炎症，使得宫颈水肿、充血、糜烂，可有褐色分泌物，同时伴有异味，可在医生指导下使用克霉唑乳膏等药物治疗。

引起怀孕6周有褐色分泌物等情况较多，建议孕妇及时到产科就诊，在医生指导下进行对症治疗，以免延误病情。