扁桃体发炎后咳嗽要根据咳嗽程度进行相应药物治疗，同时也要清淡饮食，避免辛辣刺激性食物，以防加重咳嗽。

1、偶尔轻度咳嗽：扁桃体炎后，分泌物刺激导致偶尔轻度咳嗽，以抗炎、消炎药物为主，例如口服头孢地尼、头孢丙烯等，同时可配合蒲地蓝消炎口服液、蓝芩口服液或甘桔冰梅片等药物来缓解炎症刺激、减少分泌物渗出，也可使用金嗓子喉宝、草珊瑚含片进行治疗。

2、咳嗽严重：若扁桃体炎后咳嗽次数较多，可能是诱发支气管炎、肺内感染等，需完善血常规、C反应蛋白、肺部CT等检查。

若伴有肺内感染，需进行抗炎、消炎输液治疗，同时可口服复方甘草口服液、复方福尔可定口服溶液等药物进行止咳化痰处理，痰液粘连者可口服沐舒坦口服液等药物。此外，进行雾化吸入治疗，例如吸入用布地奈德混悬液，对缓解扁桃体炎后的咳嗽具有良好效果。