福建医科大学附属口腔医院建院基础为1984年成立的福建医学院口腔医学系，前身为1986年设立的福建医学院附属口腔医院门诊部。自1997年建院以来，现已成为集口腔医疗、教学、科研、预防于一体的省级三甲专科医院，也是委省共建国家口腔区域医疗中心建设单位。我院现有1个院本部、2个外设门诊部(仁德路门诊部、连江门诊部)、1个分院(闽南分院)。
我院专业技术力量雄厚，现有各类职工近600人，临床医师中具有博士、硕士学位人员超过医师总数的81%。获国务院特殊津贴3人，全国优秀科技工作者1人，白求恩式好医生1人，国际牙医师学院中国区院士8人，省百千万人才工程人选2人，省卫生健康突出贡献中青年专家3人，省科技创新领军人才2人，省青年拔尖创新人才1人，福建省引进高层次人才境外B类1人，福建省高层次人才8人。有博导12人，硕导63人，中华口腔医学会各专业委员会副主任委员、主任委员6人，多人当选全国高校口腔医学专业教指委委员，多人在《中华口腔医学杂志》、《口腔医学研究》等杂志担任副主编、常务编委、编委等。
我院现有1个国家级临床重点专科(牙周病学)，8个省级临床重点专科(牙周病学、口腔种植学、牙体牙髓病学、口腔预防医学、口腔修复学、口腔正畸学、口腔颌面外科学(牙槽外科方向)、儿童口腔专业，1个省级口腔医学工程技术中心(福建省口腔生物材料工程技术研究中心)，1个省级临床医学研究中心(福建省口腔组织缺损性疾病临床医学研究中心)，2个省级实验教学中心(省级虚拟仿真实验教学中心、省级口腔实验教学中心)，2个省级重点实验室(福建省口腔疾病研究重点实验室，福建省口腔医学高校重点实验室)，3个校级研究中心(口腔颅颌面种植研究中心、口腔组织工程研究中心、口腔生物力学与美学研究中心)。同时，我院也是国家口腔疾病临床医学研究中心福建分中心、福建省口腔医学会、福建省医师协会口腔科医师分会、福建省口腔医疗质量控制中心、福建省牙病防治中心的挂靠单位。我院始终坚持把社会效益放在首位，积极响应国家战略部署，做好新时代对口帮扶和援疆援藏工作，同时充分发挥省内口腔医学领域龙头辐射引领作用，深化医联体建设，推进分级诊疗。现有口腔专科联盟成员单位15个，在柘荣县总医院和晋江市口腔医院成立名医工作室(站)。
作为福建医科大学的教学医院和临床教学基地、国家级虚拟仿真教学中心建设单位、国家级执业医师技能考试基地、国家首批口腔临床住院医师规范化培训协调基地、国家第二批住院医师规范化培训基地、国家第二批专科医师规范化培训基地暨首批全国口腔颌面外科学专科医师规范化培训基地、中华护理学会口腔专科护士临床教学建设基地、福建省专科护士临床教学基地等，我院每年为国内输送了大批口腔医学人才。
我院教学科研团队的课题多次获得国家级、省部级、厅市级基金资助，多项科研成果获省“科学技术奖”、“福建省医学科技奖”、省“青年科技奖”、省“运盛青年科技奖”、“霍英东教育基金会”第十五届高校青年教师奖等。拥有国家级线上线下混合式一流课程《牙体牙髓病学》1门，国家级一流课程《牙髓再生术虚拟仿真实验教学》1门，以及省级精品课程《口腔修复学》、《口腔颌面外科学》、《牙周病学》、《预防口腔医学》和《口腔正畸学》5门。
我院口腔医学专业是首批国家级一流本科专业建设点，作为一级学科博士点和专业博士点授权单位，共设有9个博士专业培养方向。同时，我院还设有博士后科研工作站。位列金苹果排行榜中国大学本科教育口腔医学类第9位，2023年软科中国大学口腔医学专业22位，2022软科中国最好学科19位，2022年度中国医院学科科技量值口腔医学类榜单26位，2022年度华东区口腔科声誉排行榜提名医院第2位。