上海六一儿童医院实行全天候专家门诊，简化诊疗流程，设有“星期三爱心门诊”、“周二周四星享日”、网上预约挂号，提供全方位、一站式、高品质的儿童医疗保健服务。一年一度的“六一健康节”，充满关爱的“儿童青少年心理健康护航行动”等公益活动，密切了医院与社会关系，也将新型的儿童健康理念带给了更多公众。

医院以“儿童乐园”式就医环境、差异化的服务亮点专注于儿童特色医疗服务，开设的“多动抽动症门诊”、“情绪障碍门诊”“儿童脑病门诊”、“增高门诊”、“血管瘤胎记门诊”等特色专病门诊，深受患儿与家长的青睐和欢迎。