南京呼吸内科医院排名比较靠前的是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院。

南京医科大学第一附属医院呼吸与危重症医学科是国家临床重点专科，科技影响力全国前十。南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科以间质性肺疾病和呼吸罕见病诊治为特色，介入技术省内领先。东南大学附属中大医院呼吸内科是江苏省临床重点专科，肺结节和肺癌早期筛查诊治优势突出。

1.南京医科大学第一附属医院 呼吸与危重症医学科

南京医科大学第一附属医院呼吸与危重症医学科是国家临床重点专科建设项目单位、江苏省呼吸病学诊疗中心，国家首批博硕士学位授予点。拥有多位国家级、省级学会任职专家。获国家科技进步二等奖等多项奖项，发表SCI论文100余篇，医院科技影响力排行进入全国前10。

2.南京鼓楼医院 呼吸与危重症医学科

南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科是国家呼吸临床研究中心核心单位、江苏省临床重点专科，国家PCCM规范化建设优秀单位。以弥漫性肺疾病和呼吸疑难危重病诊治为特色，是江苏省间质性肺疾病诊疗协作组牵头单位。开展多项呼吸介入新技术，承担国家自然科学基金等20余项课题，主编多部呼吸疑难病专著，为多所高校博硕士学位授予点。

3.东南大学附属中大医院 呼吸内科

东南大学附属中大医院呼吸内科是江苏省临床重点专科、国家临床药物研究科室，中国肺癌防治联盟肺结节诊治分中心。医疗特色为肺结节诊治、肺癌早期筛查与综合诊治、呼吸介入诊疗，慢性气道疾病及睡眠呼吸障碍诊治经验丰富。承担多项省部级科研课题，获多项省级科研成果及奖项，为硕士学位授予点。

4.东部战区总医院 呼吸内科

东部战区总医院呼吸内科是硕士、博士研究生和博士后培养学科，医疗特色为肺部肿瘤综合诊治、呼吸系统感染及呼吸危重症救治。肺癌多学科诊疗模式成熟，擅长难治性肺部感染及重症呼吸衰竭救治。获省部级二等奖10项，承担国家自然基金项目10项，主编专著11部，发表论文1000余篇，培养大量博硕士及博士后人才。

5.南京市第一医院 呼吸内科

南京市第一医院呼吸内科是江苏省临床重点专科、国家PCCM规范化建设三级医院优秀单位，国家级药物临床试验专业。主攻慢性气道疾病、肺癌多学科诊疗、呼吸介入、呼吸危重症及疑难病诊治，呼吸慢病管理全国领先。呼吸介入技术完善，导航支气管镜技术显著提高肺结节诊断阳性率，肺部疑难病MDT机制成熟。