男性支原体、衣原体检查方法有：
1、培养法。尿道分泌物较多，可收集尿道分泌物。3型碘伏消毒尿道外口，无菌棉球擦干，挤压尿道，用无菌试管收集尿道内出来的分泌物，进行支原体和衣原体培养，如尿道外口分泌物稀少，通过无菌尿道棉拭子伸入尿道，留置10秒左右，放进无菌试管送培养。
2、抗原抗体结合检测法。用已知的支原体、衣原体的抗体和支原体、衣原体上的抗原位点结合，通过化学发光法检测，如果抗原抗体反应(+)，说明有支原体或衣原体感染。
3、PCR、RNA法检测尿液中支原体或衣原体，该法敏感性高。