手足口病是由肠道病毒感染引起，它的治疗一般分为一般治疗、针对病因治疗以及重症病例的治疗，主要有以下几点：
一、一般治疗包括对症退烧，孩子有高烧的时候可以使用退烧药，同时辅助物理降温。如果有抽搐的时候可以给孩子使用镇静剂，同时保持呼吸道通畅，必要的时候吸氧，维持内环境的稳定。
二、针对病因治疗方面，暂时没有特殊、有效的抗病毒药物，可以使用干扰素雾化吸入或者是利巴韦林静点来进行抗病毒。
三、对于重症手足口病人往往会出现脑水肿、肺水肿、心衰等等，需要控制液体的输入量，要监测血压。休克的病人要用血管活性药维持血压，频繁抽搐有脑水肿的可以用降颅压脱水药物，对于有呼吸衰竭的病人要积极的给予呼吸机辅助通气。
四、其他的还包括血液净化和ECMO等治疗也有一定的作用，辅助治疗方面可以选择丙球和糖皮质激素酌情应用，也可以辅助中药进行治疗。