结膜炎判断是细菌感染和病毒感染主要是根据临床症状和体征来判断，例如像细菌性的结膜炎主要表现为眼疼流泪、畏光、眼红、分泌物增多，特别是分泌物一般呈黄色或者黏液浓稠状的，像这种感染一般考虑是细菌引起的，具体是什么细菌引起的，要做细菌培养或者显微镜下镜检来判断，一般需要根据临床症状、体征，选择合适的抗生素眼药水、眼膏进行抗炎对症处理，没有必要去做专门的细菌检测。
如果是病毒感染，主要表现有临床的诱因，例如像感冒、发烧、免疫力下降，同时会引起眼疼流泪、畏光、眼红，还有分泌物呈水样，有时候侵及角膜可能会引起视物模糊，同时病毒性感染常见腺病毒感染和单疱病毒感染。