桥本甲状腺炎少见的临床表现主要有以下五个方面：
第一、滑膜积液及关节炎，甲状腺功能正常的情况下发生，可以独立存在，也可以伴发风湿病变。
第二、类风湿因子阴性关节炎，主要累及手足，有关节的肿胀、压痛及关节腔的积液，多为感染性，区别于黏液性关节炎的特点是采用甲状腺激素替代治疗不能缓解。
第三、桥本脑病，大多数为成年人发病，儿童也可以受累，可以有首发卒中的症状，意识混乱以及认知功能进行性的下降，脑电图检查可以出现异常，核磁共振检查可以显示可逆性、弥漫性的低信号，桥本脑病对糖皮质激素反应比较良好。对不能解释的神经系统症状恶化，应该先考虑桥本脑病。
第四、神经肌肉病变，可以出现周身的酸痛无力、肌源性损害、神经轴索变性以及脱髓鞘改变。
第五、胸背部的症状，胸部可以出现不适，胸廓及肩胛带肌明显的疼痛，检查没有实验室和影像学的发现。