子宫腺肌症的治疗要根据患者的症状、年龄和生育要求而定，目前无根治性的有效药物。对于症状较轻、有生育要求，及近绝经期的患者，可试用达那唑、孕三烯酮、GnRH或左炔诺孕酮宫内节育系统进行治疗，都可以缓解症状。
但需要注意药物的副作用，并且停药后症状又可能会出现。在GnRH治疗时，应注意患者骨丢失的风险，可给予反向添加治疗和钙剂补充，年轻或希望生育的子宫腺肌瘤患者，可试行病灶切除术，但术后有复发的风险。
对于症状严重没有生育要求或药物治疗无效的患者，应行全子宫切除术，是否保留卵巢取决于卵巢有无病变和患者的年龄。