最容易发生变异的流感病毒是甲型流感病毒。流感病毒是流行性感冒的病原体，根据核蛋白和基质蛋白抗原性的不同，将流感病毒分为甲型、乙型、丙型，易于发生变异是流感病毒的一大特点。其中，甲型流感最为明显，主要是血凝素和神经氨酸酶的变异。
流感病毒发生变异的形式主要是抗原漂移和抗原转换两种形式，抗原漂移是由于金属发生突变，导致抗原发生小幅度的变异，不产生新的亚型，属于亚型类变异。其出现频率较高有累积效应，当达到一定程度后可引起中小型的流感流行。而抗原转换是由于编码基因变异幅度大，往往产生较强的致病株，人体原免疫力对变异产生的新亚型可完全或部分无效，从而引起大流行。不过发生抗原转换的频率较低，发生过程缓慢。