正常情况下肝脏分泌的胆汁，应该顺着胆道流入十二指肠，即进入小肠，最后到大肠，一部分被吸收，另一部分随粪便排出，完成胆汁的消化吸收功能，但如果胃的幽门功能发生紊乱，幽门括约肌机能失调，胆汁就会反流或者倒流，由小肠进入胃腔，这种现象就是胆汁反流。
如果胆汁反流进入胃内，虽然胆汁直接接触胃黏膜一般不会引起损伤，但可刺激胃酸的分泌，破坏胃黏膜的屏障作用，导致胃黏膜的炎症，出现慢性活动性胃炎、胃黏膜腺体萎缩、肠上皮化生、局灶性异常增生，这种情况就是胆汁反流性胃炎，胆汁反流常常与高脂饮食、暴饮暴食、过度劳累、情绪失衡等因素有关。