肝门静脉与上下腔静脉之间有非常丰富的吻合，当出现肝硬化、门静脉血栓等病变时，静脉回流受阻时通过吻合可以形成丰富的侧支循环。因此，临床上有重要的意义，常见的吻合有三处，包括如下：
第一、脐周静脉网，位于胸腹壁浅静脉，分别注入腋静脉和股静脉，构成了肝门静脉与上下腔静脉之间的交通。
第二、直肠静脉丛，位于直肠下段，与直肠上静脉有吻合，构成肝门静脉与下腔静脉之间的交通，因此吻合出现问题的时候会表现以痔疮为主的肛周疾病。
第三、食管静脉丛，位于食管下段与胃的贲门处，是胃静脉、肝门静脉与上腔静脉之间的交通，吻合出现问题时会出现食管-胃底静脉曲张。