甲状腺功能减退的原因比较复杂，大多数患者为原发性甲减，还有垂体性甲减。
原发性甲减的主要病因有甲状腺手术切除术后、放射性碘治疗后、慢性淋巴细胞性甲状腺炎、侵袭性纤维性甲状腺炎后期、甲亢格瑞斯病晚期以及抗甲状腺药物过量，原因不明的原发性甲减大多可能与甲状腺自身免疫损害有关，也可能是多发性内分泌腺功能减退综合征的表现之一。
而垂体性甲减相对少见，大多因肿瘤手术放疗和产后垂体坏死所引起。