甲状腺功能减退症替代治疗的原则，包括以下三个方面：
第一、治疗目的，将血清TSH和甲状腺激素水平恢复到正常范围内或接近正常范围。
第二、治疗时间，一过性的甲状腺功能减退症可以进行数月的替代治疗，甲状腺功能恢复正常以后可以考虑停药，中度和重度的甲状腺功能减退症需要终身替代治疗，中间不能停药，这是原则。
第三、治疗个体化，药物治疗的剂量需要根据患者的年龄、病程、病情轻重、体重和心脏情况等决定，进行个体化的治疗，需要在专科医生指导下进行，患者自己不能随意地增加或者减少剂量。患者生活环境、健康状况以及劳动强度等发生变化的时候，应该根据实际情况进行调整用药的剂量，这些都需要在专科医生的指导下进行。