治疗刺瘊最好的方法根据它的大小而定，刺瘊个小其根部较浅，用鸦胆子油、水杨酸软膏或者液氮冷冻的方法，涂擦患处可将其腐蚀掉。
对于个较大的刺瘊，用这种方法不能将其根部去除，只能将凸出皮肤表面的部位腐蚀掉，容易复发所以不建议使用药物治疗，其最好的治疗方法是到医院局部注射利多卡因，将其麻醉然后用激光或手术将刺瘊去除，术后局部会形成创面，在创面没有愈合之前不要接触水，定期换药保持创面洁净、干燥，不要吃辛辣的食物防止感染。本病是病毒感染所致有传染性，所以在治疗期间患者用品要和其他人的分开使用，并且定期用开水烫洗，防止上面残留的病毒接触他人引发间接传染。