非淋菌尿道炎以药物治疗为主。治疗非淋菌尿道炎敏感的抗生素有喹诺酮类药物，常用的有左氧氟沙星，非淋菌性尿道炎对多西环素、四环素等抗生素也比较敏感，由于多西环素、四环素目前已经比较少用，由于副作用比较大，建议使用奎诺酮药物进行治疗，也可以使用大环内酯类的抗生素，比如红霉素肠溶片。
治疗非淋菌尿道炎时候一定要及时、规范治疗，使用抗生素的原则要及早、联合、足量、足疗程的使用。口服给药效果不好的时候，建议采用静脉输液给药的方法来治疗。除了服用抗生素治疗以外，还可以服用具有活血化瘀、清热利湿、利尿作用的中成药进行治疗。