隐形眼镜由于本身属于角膜接触镜的一种，所以如果长期佩戴或者由于本身隐形眼镜的质量较差，有可能对眼表的组织造成一定的损伤。比较常见的有：第一、佩戴和摘戴的过程中容易引起细菌对于镜片的污染，造成眼表的角膜、结膜的细菌性的感染。第二、在镜片持续接触角膜的过程中，有可能引起眼表泪液和养分循环的不佳，造成角膜持续性的缺氧状态，所以也有可能引起角膜周边的变性。第三、在佩戴和摘取隐形眼镜的过程中，有可能会造成隐形眼镜对于角膜表层的划伤，长时间佩戴有可能会造成隐形眼镜和角膜表面粘连，有可能引起角膜上皮的撕脱或者划伤，都是对于眼睛的损伤。但通常因为佩戴隐形眼镜对于角膜或眼睛的影响往往都是暂时性，在持续没有佩戴隐形眼镜损伤或者炎症，都可以在短期之内有一定程度的恢复。