眼肌型重症肌无力是所有重症肌无力当中最轻的一型，可以分为对症治疗和对因治疗。
由于重症肌无力是个累及神经肌肉接头处的传导障碍自身免疫性疾病，所以改善症状治疗，也就是增加神经肌肉接头处的传导，对症治疗可以吃胆碱酯酶抑制剂，比如溴吡斯的明，治标不治本，这只是改善症状。
对于久治不愈的眼肌型重症肌无力，也可以启动对因治疗，对因治疗包括了胸腺摘除手术、糖皮质类固醇激素、他克莫司、环孢素、环磷酰胺、硫唑嘌呤等。
严重的患者也可以有血浆置换丙球或者单克隆抗体等治疗措施，需要根据患者的病情来进行不同的选择。