甲状腺功能减退症引起的原因有以下几点：
一、桥本甲状腺炎，桥本甲状腺炎最后发展至甲状腺功能减退症，是由于甲状腺组织被淋巴细胞所代替。
二、核素碘-131治疗甲状腺、癌症、甲亢以后，由于甲状腺组织破坏过多导致甲减。
三、甲状腺由于癌症、甲亢进行了手术治疗，切除一部分甲状腺组织，导致甲状腺功能减退症。
四、地方性甲状腺肿伴甲状腺功能减退症是由于食物中含碘过少，碘含量过少导致甲状腺激素合成障碍发生甲减，这种疾病在临床上已经很少用。因为这一部分患者主要是由于远离海边，缺碘，现在食盐中已经加入了碘，这种状态已经得到了缓解。
五、在某些情况下，由于食用了大量的碘也容易导致甲状腺功能减退症。过量的碘抑制了甲状腺激素的合成，主要是竞争性的抑制了过氧化物酶的活性以及减少甲状腺激素的释放，形成了所谓的点封闭，也可造成甲减。