多重耐药菌的隔离要实施接触隔离，有条件者可实施单间隔离或者把感染同种病原菌的感染者放在一个房间进行隔离，没有条件者可实施床头隔离，但要有醒目的隔离标识。
多重耐药菌感染者的病房，要保持空气清新，每天定时进行空气消毒。地面和桌面等进行擦拭消毒，产生的垃圾要特殊处理。多重耐药菌感染者使用的血压计和听诊器等诊疗用品要一人一用，用后要消毒。
陪护及医护人员注意手卫生及严格执行消毒隔离制度以及消毒灭菌规范，避免交叉感染，多重耐药菌感染者的隔离要在连续三个检测标本转阴后才能解除隔离。