儿童蛀牙引起牙髓的炎症、根尖炎症的时候，进行根管治疗是唯一有效的治疗方法，如果根管治疗有危害，主要表现在以下几个方面：
1、误伤：对于儿童做根管治疗来讲，需要很好的配合，有可能会产生一定程度的疼痛、不太舒服的情况，也有可能造成一定的误伤情况，因为根管治疗时候，需要进行很小的器械的操作、涡轮机的磨牙等等，有可能造成误伤、误吸、误咽，所以一定要做好安抚工作，不能配合的儿童可以考虑局部麻醉，甚至是全身麻醉下来进行根管治疗。
2、牙齿变脆：做根管治疗时候，去除了牙髓组织，有可能造成牙齿变脆、容易折裂等等情况，在这种情况下，做根管治疗去除牙髓组织是一个必须进行的处理方法。牙髓组织只有在炎症情况或者是根尖有炎症的情况下，做根管治疗需要去除牙髓组织，对牙齿造成的变脆影响并不是根管治疗造成，而是牙髓根尖的病变，使得牙齿失去了牙髓的营养，造成了变脆的情况。针对这种情况，做完根管治疗之后，可以做全冠来保护牙齿，避免牙齿的折裂。
3、恒牙发育：做了根管治疗之后，有一部分家长会认为乳牙的牙髓被去除了，对恒牙发育是否造成影响，其实是多余的担心，做根管治疗就是为了避免乳牙的根尖炎症对恒牙生长发育造成影响，如果有影响，其实也是乳牙病变造成，所以不用担心，该做的时候还是需要做根管治疗。