幽门螺杆菌吃药后会出现腹部不适、恶心、呕吐、头晕、头痛、黑便等副作用。幽门螺杆菌在治疗上主要以抗生素药物治疗为主，并且还应两种抗生素结合使用。抗生素药物在使用的过程中，会对胃部黏膜造成一定的损害，尤其是本身存在有胃炎、胃溃疡的患者，会在使用药物的期间存在腹部不适症状。
部分人胃部不适症状会比较严重，甚至出现胃部痉挛收缩，导致胃内压增加，而出现恶心、呕吐。抗生素药物对于中枢神经系统也会造成一定的侵犯，不少人在使用后会伴随头晕、头痛等表现。部分人治疗幽门螺杆菌的同时，会结合一种铋剂药物，由于铋剂在使用的过程中与消化液发生反应，因此在排便时存在有黑便现象。