子宫内膜异位症包括卵巢巧囊、盆腔子宫内膜异位结节和子宫腺肌症。一般最主要的临床症状是痛经，而且呈渐进性表现，越来越严重。
因为每次月经来潮，异位内膜组织也会脱落出血，造成结节或者包块肿胀，引起明显的痛经。这种痛经称为继发性痛经，以区别于原发性痛经。原发性痛经是指小姑娘阶段的痛经，一般没有器质性病变。
除了痛经，子宫内膜异位症常常有性交痛，因为子宫内膜异位症一般有后穹窿的触痛结节，如果同房碰到这些触痛结节就会引起性交痛。子宫内膜异位症也常常有月经紊乱，有时伴有不孕。