健脾五味丸的功效可以健脾和胃、理气镇痛。临床上通过该药的合理应用，可以治疗部分疾病症状，如胃胀、胃满，以及上腹部的疼痛。
应用健脾五味丸期间，患者不能够吃过于滋补的药物，像人参、枸杞等，都不建议应用。如果胃部疾病用药后效果差，应该立刻进行胃镜检查，以明确胃部实际情况，对于治疗疾病更有效果。儿童用本药时应在成年人的监护下进行，建议患者应在医生指导下应用。
患者应保持心情舒畅，同时配合着运动效果更好，如每天进行45分钟的慢走、快走，对于健脾健胃、调整体质有很大帮助的。应用该药期间不要吸烟、饮酒，合理安排作息，不要熬夜，对于身体都有好处。