一侧有卵巢巧克力囊肿怀孕的机会有所下降，毕竟在临床上巧克力囊肿会引起不孕不育，如果发现有比较大的卵巢巧克力囊肿，建议尽快的给予手术治疗。
因为卵巢巧克力囊肿会随着子宫内膜的脱落来月经，局部也会出现出血的现象，所以会逐渐增大。如果张力过大导致破裂，会在临床上造成更严重的后果，建议积极的手术治疗，手术之后再考虑怀孕。
另外卵巢巧克力囊肿复发的机会还是比较高的，如果计划怀孕就在术后尽快的给予怀孕。另外卵巢巧克力囊肿相对比较小的情况可以先试着怀孕，如果半年仍然怀不上，可以给予相应的治疗，并且了解是否还有其他原因引起的不孕。