阿米巴原虫主要是指溶组织内的阿米巴，感染人体可导致阿米巴病。按病变部位和临床表现不同，可分为肠阿米巴病和肠外阿米巴病，肠外阿米巴病最主要的类型是阿米巴肝脓肿。目前临床上有针对阿米巴原虫的特效药物，治愈率较高，对于疗效欠佳或病死者，多数是未经正规治疗，未及时接受治疗，病情危重，有并发症，伴有其他疾病的患者。
对于肠阿米巴病治疗，首选的药物是硝基咪唑类，如甲硝唑、替硝唑、奥硝唑口服即可。合并细菌感染应用抗菌药物，可选用喹诺酮类的抗菌药物。对肠外阿米巴病治疗，也以内科治疗为主，首选硝基咪唑类药物或氯喹。有继发细菌感染者，应根据药敏结果，选择相应的抗菌药物进行治疗。对于阿米巴肝脓肿穿破引起化脓性腹膜炎，以及内科治疗疗效欠佳的患者，可做外科手术引流，同时也要加强抗阿米巴药物和抗菌药物的应用。