囊性肾癌恶性程度不一定低，肿瘤的恶性程度根据肿瘤分化的情况分为四个类型，高分化癌、中分化癌、低分化癌、未分化癌。分化程度越高，恶性程度越低，治疗效果比较好，病人平均生存时间比较长。未分化的癌症恶性程度比较高，治疗效果比较差，病人复发、转移的时间比较快，生存时间比较短。
囊性肾癌的病人有可能是低分化癌症或者未分化癌症，恶性程度也有可能很高。早发现、早诊断、早治疗，是治愈囊性肾癌和延长寿命的关键。早期癌症病人肿瘤没有转移，通过根治性手术切除，一般是可以治愈。