妊娠期甲减会对胎儿的中枢神经系统发育造成显著的影响，有研究显示在妊娠早期如果孕妇出现甲减，新生儿出生后两岁其神经、智力发育评分比正常孕妇子代低8-10分。
动物研究发现，母属甲减会对子属的大脑皮层神经元发育相关蛋白CREB，信号传导通路造成抑制，最终体现在神经元发育异常，因此孕妇如果在妊娠早期，尤其是妊娠4-12周发生甲减时，应尽早给予左旋甲状腺素干预，纠正甲减状态，以免引起新生儿子代智力发育异常。