戊二醛具有广谱的杀灭微生物的能力，2%的碱性戊二醛溶液两分钟就可杀灭繁殖体，十分钟可杀灭病毒，二十分钟可杀灭分枝杆菌，三小时可杀灭细菌的芽孢。
戊二醛可作为高水平的消毒剂，如果暴露时间足够，超过十小时，可作为灭菌剂使用。戊二醛消毒液是新型高效低毒的中性强化消毒液，可杀死细菌繁殖体、细菌芽胞、病毒等病原微生物。戊二醛的初始浓度原则上要高于2%，如用于消毒，暴露时间不低于二十分钟，如用于灭菌，则暴露时间为十小时。由于在使用过程中，很多因素会引起戊二醛浓度的降低，如碱性戊二醛的聚合、水的稀释、使用频率、消毒液挥发和丢失等，因此必须每天对戊二醛浓度加以监测。
虽然碱性戊二醛活性较强，但有效期只有两周左右，应一到两周左右更换一次。戊二醛对皮肤黏膜有刺激性，接触溶液时应戴手套，防止溅入眼内或吸入体内。