中药神曲的功效是健脾和胃、消食调中，临床上可以通过神曲的应用配合治疗消化道的相关疾病，患者出现的食物过多而导致饮食停滞，出现打嗝、反酸、肚子胀痛甚至出现腹泻、痢疾等都适合神曲的治疗。
神曲也可以帮助治疗女性生产之后出现的瘀血、腹痛，对于儿童出现的肚子特别大，里面有大量的食积还有粪便无法排除，也是神曲的治疗方向，神曲可以和山楂、麦芽煮成焦三仙对于人体的消化道系统进行系统的治疗。
神曲应用的禁忌主要在于孕妇不能够吃，因为会导致流产的可能，胃火特别盛的患者不能够吃，不然会加重胃火。