颅内静脉窦的血栓，有部分病人非常严重，一部分病人预后较好，严重的病人大约占5%左右，可能会在急性期死亡。其他部分的病人可能会随着时间延长，也逐渐出现一些其他的并发症，包括生活不能自理以及远期的死亡，占到总体病人的15%左右。
远期的临床症状包括癫痫的发作、头痛、视力的丧失以及认知和精神方面的并发症。颅内静脉窦血栓引起的症状是否严重，主要可以根据是否出现了头部内的出血以及精神异常、年龄是否大于37岁、是否同时存在中枢系统的感染等其他情况，可以基本判断远期的疗效如何。