增强CT的副作用主要是由注射方式和碘造影剂两方面引起，注射方式通常较快，所以许多人在注药时会出现发热的感觉，属于正常现象，不用紧张，随着注药的结束，这种感觉就会消失。
增强CT所用的造影剂是非离子型碘造影剂，相对比较安全，很少发生药物不良反应，但也有少数患者由于特殊体质，或者某些不可预知的因素，会出现过敏反应，如皮疹、胃肠道反应，也会出现比较严重的过敏反应，如气管痉挛、喉头水肿、休克，这时需要抢救。