腘窝囊肿手术是治疗的根本，在二级医疗机构，需要8000元左右，在三级医疗机构，大约在10000元左右。腘窝囊肿手术需要俯卧位，在腘窝内做横行或者纵行的切口，分离软组织。
在腓肠肌内侧头出现囊性的病变，像气球一样，里面包着胶冻状物质，和膝关节腔内相通，是囊肿内囊液的主要来源，将囊壁和囊液完全取出以后，需要用电刀灼烧其基底部预防复发。
手术用不到比较贵重的医疗器械，单纯的肿物切除。出现腘窝囊肿时，需要检查膝关节内的情况，是膝关节病变导致，因此单纯切除囊肿，不一定能够改善症状。