龟头炎用药要区分龟头炎的原因，临床最常见的龟头炎是霉菌性龟头炎，是因为包皮过长、包皮内的垢和细菌长期刺激引起。
细菌性龟头炎、霉菌性龟头炎和病毒性龟头炎三种龟头炎治疗的药物也是完全不同的，病毒性龟头炎涂抗病毒的软膏，霉菌性的龟头炎没有特殊的治疗药物，可以尝试酮康唑类的抗霉菌药物，细菌性龟头炎比较少见，需要针对细菌对什么药物敏感选择抗生素进行治疗。
龟头炎的治疗除了药物以外就是注意局部卫生，保持干燥。