男性小便时尿道痛要考虑急性尿道炎，这种情况要先查泌尿生殖道的支原体和衣原体，如果是阳性，可以选用药物治疗，可以选择敏感的抗生素如左氧氟沙星等。
如果炎症得到有效控制，疼痛会缓解，而且这种情况大部分情况下都具有传染性，需要注意预防隔离。
同时还可以见于结石等情况引起，如果伴有肾绞痛、血尿等症状，而且疼痛较烈，可以先使用654-2或阿托品、托特罗定等药物解痉、止痛，或者使用杜冷丁或曲马多等药物，可以缓解疼痛。
止痛后可以根据结石大小的情况治疗，如果是小结石，可以使用中药通淋排石，如果是大结石，可以使用手术治疗。