引起头痛的病因众多，大致可分为原发性和继发性两大类。原发性是指不能归于某一确切病因，也称为特发性头痛，常见的有偏头痛、紧张性头痛。
继发性头痛是指的病因比较明确，继发于颅内各种病变的疾病，如各种类型的脑血管疾病，包括脑出血、脑梗死、短暂性脑缺血发作、颅内感染，包括各种类型的脑炎，病毒性脑炎、细菌性脑炎、寄生虫性脑炎，还有颅脑外伤。其他引起头痛的疾病，还有一些全身性疾病，也叫系统性疾病，如发热以后造成的感染性头痛，内环境紊乱或者滥用精神活性药物等。
最常见的头痛是紧张性头痛，也叫肌收缩性头痛，特点是双侧枕部或者全头部呈紧缩性的压迫性头痛，约占所有头痛患者的40%，是临床上最常见的头痛。而偏头痛的特征是发作性，多为偏侧搏动性头痛，可伴有恶心、呕吐，多见于女性年轻的患者，以上两种类型是最常见的原发性的头痛类型。