新生儿甲状腺功能减退症的病因主要有以下几点：
第一、新生儿甲状腺发育不良。
第二、新生儿甲状腺激素合成减少。
第三、新生儿下丘脑垂体功能减退，导致TSH分泌量减少。
第四、一过性甲状腺功能减退症，一过性甲状腺功能减退症的发生，通常是因为母体内的抗甲状腺药物、高碘，或者母体甲状腺刺激阻断性的抗体通过胎盘进入胎儿体内，从而抑制了胎儿的甲状腺功能，使新生儿出现甲状腺功能减退症，大多数病例呈散发性。
常规筛查新生儿甲状腺功能，有利于早期发现甲状腺功能减退症，在新生儿中，甲状腺功能减退症的发生率大约是0.025%。